Tuttavia, proprio a causa di questo loro larghissimo utilizzo, essi sono diventati il bersaglio di un numero di virus in continua crescita.
Nella maggior parte dei casi un computer infetto trasmette il virus al dispositivo USB che viene in esso inserito il quale, a sua volta, trasmetterà il virus ad altri computer su cui verrà successivamente utilizzato. Gli esperti, per ovviare a questo inconveniente, suggeriscono di disattivare la funzione di AutoRun del proprio sistema operativo. Questo escamotage, quindi, dovrebbe essere efficace per scongiurare il contagio da parte della maggior parte dei virus che possono infettare il PC tramite USB ma, purtroppo, non da tutti.